国家自然科学基金(30971609)
- 作品数：10 被引量：135H指数：6
- 相关作者：尹佟明李淑娴张新叶戴晓港刘菁菁更多>>
- 相关机构：南京林业大学湖北省林业科学研究院国家林业局更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省高校自然科学研究项目国家林业公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 松树、杨树及桉树表达基因序列微卫星比对分析被引量：30
- 2011年
- 微卫星是生物基因组中变异频率最快的序列,结构基因中微卫星重复数的变化会引起基因的框移突变,导致基因表达完全不同或截短的蛋白。因此在进化过程中,基因区微卫星会受到强烈选择的影响。为研究基因区微卫星在不同树种中的变化情况,在本研究中,利用SPUTNIK程序分析了NCBI数据库中松树(Pinus spp.)、杨树(Populus spp.)及桉树(Eucalyptus spp.)的表达序列标签(express sequence tag,EST)序列各3万条。结果显示,桉树和杨树EST序列含有微卫星的比例比较接近,分别为18.7%和15.3%,而在松树中则发生了较大分化,只有8.2%。研究发现,三碱基重复单元是这3个树种编码序列中微卫星的主要重复类型。除三碱基重复微卫星外,桉树和杨树EST序列中其它类型微卫星的丰度随着重复单元长度的增加而减少,而在松树中则呈相反现象。同时值得注意的是松树EST序列中变异频率快的微卫星(>20bp)数量明显比桉树及杨树少。研究还发现,3个树种中微卫星获得或丢失重复单元的速率都随着重复单元的增加而降低。本研究首次报道了不同树种基因区微卫星比较研究,发现了一些松树与杨树、桉树相比较EST序列中所含微卫星在丰度及变异频率方面存在的异同。基因所含微卫星序列对基因的功能有重要影响,本研究的结果将为了解不同树种中基因区微卫星的特征提供重要参数,同时也将为利用所研究树种的EST序列开发多态性高的微卫星标记提供有益的生物信息学参考。
- 阎毛毛戴晓港李淑娴尹佟明
- 关键词：微卫星表达序列标签基因组进化
- Differential expression of genetic loci underlying above-and below-ground lignin contents and Cell wall constituents in poplars
- In this study, we establish a comprehensive genetic map with a large number of progeny from a three generation...
- Gerald A. TuskanMark DavisLee GunterRanjan Priya
- 文献传递
- 杨树锈菌表达序列微卫星分析及EST-SSR标记开发被引量：5
- 2012年
- 通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复单元是AC和AT,三碱基中AGT和AAG为优势重复单元,四碱基、五碱基重复类型中,(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T,研究还发现杨树锈菌表达序列中微卫星丰度很高。杨树锈菌突变频率很高,由试验结果推测杨树锈菌基因中含有的微卫星序列是杨树锈菌基因变异的一个重要驱动力。杨树锈菌EST序列中高度变异的微卫星(长度大于20 bp)约占15.07%。针对检测到的微卫星位点,共设计了455对引物,并选取了30个SSR引物对对杨树锈菌基因组DNA进行PCR扩增,其中有27个引物对扩增成功,占90.0%。扩增产物电泳结果显示,有21个引物对扩增出的谱带在预期片段大小范围之内,有8个引物对在杨树锈菌DNA中检测到了多态性,多态性引物对占26.7%。
- 万志兵王小龙管宏伟仰皖旭尹佟明张新叶
- 关键词：表达序列标签SSR标记
- 林木基因组及功能基因克隆研究概述被引量：12
- 2010年
- 在美国能源部资助下,首个多年生木本植物——杨树的全基因组测序已经完成且序列信息已对公众开放。杨树全基因组测序的完成标志着林木基因组进入后基因组研究时代。克隆控制重要性状的主效基因是林木后基因组时代的主要研究内容。近年来,在一些重要作物,如水稻、蕃茄及玉米中,先后成功克隆了多个控制重要农艺性状的主效基因,分子育种在作物中已进入实用阶段。林木相对于这些重要作物而言,分子遗传学的研究起步较晚,同时,由于林木自身的一些生物学特性,在林木中精确定位与克隆未知基因一度被视为遗传学研究领域的难点。随着技术和研究手段的不断进步,以及林木基因组资源的快速积累,有望在这一领域取得突破,为在林木中开展分子育种创造条件。文章综述了国际上林木基因组与功能基因克隆研究的现状与新发展,并对后基因组时代的林木功能基因克隆研究的预期成果进行了展望,以期为从事该领域研究的科研人员提供参考。
- 尹佟明
- 关键词：基因克隆反向遗传学分子育种
- 黄山松不同生理生化指标随海拔高度变化趋势被引量：6
- 2010年
- 将采自福建武夷山自然保护区黄冈山系3个海拔高度的黄山松种子置于恒温发芽箱中于25℃条件下发芽,待种子长成幼苗后拔出幼苗,置于冰箱中0～5℃寒冷处理24h后,测定5个生理生化指标处理前后的变化情况。采用多重复测定,检测了这些指标随海拔高度的变化关系。发现幼苗浸出液相对电导率、超氧化物歧化酶活性及丙二醛质量摩尔浓度在低温处理下,均表现出随海拔高度的增加而降低的规律。这些指标与黄山松的海拔适应性存在相关,可用于临域性物种分化机理的研究。
- 李淑娴谭艳陈颖尹佟明
- 关键词：黄山松海拔生态位生理生化指标
- 杨树锈菌种和生理小种鉴别方法述评被引量：2
- 2012年
- 杨树锈病是我国杨树生产的主要病害之一,对锈病的不同种和生理小种进行鉴别,是杨树抗锈病育种的前提和基础。作者对杨树锈菌种和生理小种的不同鉴别方法进行了述评,介绍了依据形态学标记、寄生专化型、同工酶技术和可溶性蛋白分析、分子标记技术以及ITS测序进行杨树锈菌生理小种鉴别的一些研究实例。通过分析发现,杨树锈菌和生理小种的鉴定不能仅靠其中的一种技术,而是需要将几种方法结合起来使用才能得到准确的鉴定结果。
- 万志兵管宏伟张新叶李怡然李淑娴
- 关键词：生理小种
- 杨树基因组中染色体基因丰度分化及EST序列对基因覆盖度的检测(英文)被引量：1
- 2010年
- 高等植物基因组中,大部分序列为非表达序列,基因序列所占的比例很小,了解基因在基因组中的分布是研究基因组结构的一个重要方面。在美国能源部资助下,一个毛果杨无性系的基因组测序已经完成并对公众发布。杨树全基因组序列的完成,为我们了解林木基因组中基因的分布提供了一个特例。在本文中,我们利用泊松分析对杨树基因组中基因在各个染色体上的密度进行了检测,结果表明杨树基因组中各条染色体的基因含量存在显著差异。杨树全基因组测序项目揭示现代杨树基因组起源于一次古全基因组复制事件(称为杨柳科基因组复制),所以杨树基因组不同染色体间存在很大的同源复制片段。但是我们的研究显示,杨树基因组中大多数高度同源的染色体上基因的密度与染色体间的同源性没有明显关系,这说明杨柳科全基因组复制事件后,各个高度同源染色体上的基因发生了流失,且基因流失的速率是不一样的。同时本文还对近九万条毛果杨EST序列进行了比对分析,结果显示这些EST序列覆盖的基因仅占杨树基因组中基因总数的16.8%左右。EST测序虽然是发现基因的一个重要手段,但小规模EST测序对基因的覆盖度很低,所以小规模EST测序的应用价值是有限的。
- 李淑娴李淑娴戴晓港尹佟明
- 关键词：基因分布
- 桉树EST序列中微卫星含量及相关特征被引量：41
- 2010年
- 通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外)。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。
- 李淑娴张新叶王英亚尹佟明
- 关键词：桉树
